要使用万方查重保持论文结构清晰，首先需要明确论文结构的重要性。论文结构清晰可以帮助读者更好地理解论文内容，同时也是论文质量的重要体现。在使用万方查重时，建议首先对论文结构进行梳理，确保每个部分的逻辑关系清晰明了。其次，可以利用万方查重工具对论文进行反复检查，及时发现并修正结构上的问题。此外，也可以借助万方查重的排重功能，避免论文结构重复或混乱的情况。总之，结合万方查重工具和对论文结构的重视，可以有效保持论文结构清晰。

除了使用万方查重工具外，还可以通过以下方法保持论文结构清晰：1.合理安排论文各部分的内容，确保逻辑关系清晰。2.使用恰当的标题和副标，帮助读者快速理解各部分内容。3.注意段落间的过渡，确保段落之间的逻辑关系自然流畅。4.反复修改和润色论文，确保结构合理、层次清晰。5.请同行或导师审阅，获取专业意见并及时调整。以上方法结合万方查重工具的使用，可以有效保持论文结构清晰，提高论文质量。