在使用万方查重时，保持论文结构清晰尤为重要。首先，建议在撰写论文之初就要有清晰的大纲和逻辑结构，包括引言、正文和结论等部分。在写作过程中，要注意段落之间的衔接，确保论点和论据之间的逻辑关系清晰明了。此外，使用万方查重时，要注意避免过多的引用和剽窃，保持原创性。最后，使用万方查重工具进行检测时，要仔细阅读查重报告，对于重复率较高的部分进行适当修改和调整，保持论文结构清晰，提高论文质量。

除了以上提到的方法外，还可以通过使用一些辅助工具来保持论文结构清晰。比如，可以借助写作软件来进行排版和格式调整，使得论文结构更加清晰明了。此外，可以邀请同行或老师进行论文修改，听取他们的意见和建议，帮助优化论文结构。同时，积极学习论文写作技巧，不断提升自己的写作水平，也是保持论文结构清晰的重要途径。